En el escudo del Externado de San José pueden reconocerse los distintos elementos de identidad institucional.
En la parte superior izquierda, hay un bastón florecido que alude a San José, ya que la tradición popular dice que esta fue una señal para reconocer a María, de acuerdo al plan divino.
En la parte superior derecha se notan varios volcanes que aluden a la provincia centroamericana, de la que son parte las obras jesuíticas de El Salvador.
En la parte inferior izquierda hay elementos del escudo de armas de los Loyola, familia de San Ignacio, fundador de la Compañía de Jesús.
Finalmente, en la parte inferior derecha están las iniciales «AMDG», que corresponden a la frase latina que significa «A mayor gloria de Dios», lema de San Ignacio.
Himno del colegio
De confín a confín nuestro inmenso clamor
se dilata sin fin por la tierra y por el mar.
Dadle ciencia y virtud
y veréis a la juventud
cien mundos conquistar.
Nuestros sueños no son rosas de vergel:
¡nuestros sueños son coronas de laurel,
del laurel siempre verde y en flor!
¡Somos la promesa de El Salvador!
Nuestro lema es luchar por la patria y por Dios
y por ambos triunfar y adelante proseguir.
No consiga el temor
apagar nunca nuestro ardor,
que es nuestro el porvenir.
Como el sol que a su cenit subiendo va,
la bandera desplegada flota ya.
Por mi hogar y mi patria y mi fe:
¡Viva el Externado de San José!
La letra del himno del colegio fue escrito por el hermano jesuita Gregorio Arrarte, probablemente hacia la década de 1940, basándose en una música del folclore vasco. En 1997, el padre Aníbal Meza, S.I., dispuso que se grabase en estudio, recuperándolo para la identidad externadista. Esta versión es el coro del colegio en 2020, dirigido por Rafael Francisco Góchez.
Mascota
Aunque a través de los años la mascota externadista ha tenido varios diseños y formas, ésta invariablemente ha sido un perico, ave tropical que siempre ha identificado a los alumnos y alumnas de nuestra institución, tanto en el ámbito deportivo como académico.
El origen de la identificación del color verde probablemente se daba a que el Externado funcionó, durante los primeros años de su fundación, en un edificio conocido popularmente como «el caserón verde».
Toma, Señor, y recibe toda mi libertad,
mi memoria, mi entendimiento y toda mi voluntad.
Todo lo que yo tengo y poseo
Tú me lo diste y a Ti te lo devuelvo:
Todo es tuyo, dispón de ello según tu voluntad.
¡Dame tu amor y tu gracia, que ésta me basta!